Založenie Mestského múzea v Starom zámku dňa 1. júla 1900 bolo prvým krokom. Podstatné však bolo, že sa k zrodu inštitúcie, ktorá pod vedením prof. Vojtecha Bakera v rokoch 1921 – 1941 začala systematicky zbierať, ochraňovať, dokumentovať a prezentovať pamiatky materiálnej kultúry viažúcich sa k histórii Banskej Štiavnice. Druhým významným krokom bolo založenie Štátneho banského múzea Dionýza Štúra 22. mája 1927 v niekdajšej budove banského súdu (Berggericht), na Námestí sv. Trojice 6. Mimoriadny rozvoj zaznamenalo múzeum pod vedením RNDr. Františka Fialu v rokoch 1928 – 1939. Bolo to prvé múzeum svojho druhu v Československu a až do vzniku Vysokej školy technickej v Bratislave aj jediná geologická inštitúcia na Slovensku.
Obidve múzeá prešli v ďalšom vývoji zložitým obdobím. Kým Štátne banské múzeum D. Štúra si svoj obsah zachovalo, Mestské múzeum prešlo viacerými zmenami. Najprv malo charakter mestského, neskôr župného, opäť mestského múzea, až v roku 1960 vzniklo Vlastivedné múzeum, ktoré dňom 1. apríla 1964 sa spojilo s ďalším múzeom do Banského múzea s celoslovenskou pôsobnosťou (od roku 1967 dostalo názov Slovenské banské múzeum pod priamou správou Povereníctva SNR pre školstvo a kultúru).
V ďalšom období múzeum prešlo organizačnými zmenami. Patrilo pod priame riadenie Ministerstva kultúry, bolo súčasťou Slovenského národného múzea v Bratislave, opäť patrilo pod priame riadenie Ministerstva kultúry, v rokoch 1996 – 1998 bolo súčasťou Podsitnianskeho kultúrneho centra v Banskej Štiavnici až nakoniec sa dňom 1. januára 1999 dostalo pod priame riadenie Ministerstva životného prostredia SR. Múzeum tak dostalo konečne adekvátne postavenie vzhľadom na jeho špecifičnosť, jedinečnosť a význam z celonárodného i medzinárodného hľadiska, ale aj vzhľadom na predpoklady jeho ďalšieho rozvoja.
Dokumentuje výskyt minerálov na území Slovenska a spracováva zbierky, sprievodnú dokumentáciu a študijné materiály o vývoji spoločnosti. Eviduje, vedecky spracováva a odborne ochraňuje získané zbierkové predmety a sprístupňuje verejnosti zbierkový fond v súlade so svojim odborným zameraním a špecializáciou. Uskutočňuje výskumy v oblasti vývoja baníctva a príbuzných odborov so zameraním na získavanie, vedecké spracovanie a využitie zbierok. Rieši teoretické a metodologické problémy banského múzejníctva.
Rieši a podieľa sa na výskumných úlohách týkajúcich sa baníctva, geológie a mineralógie. Výsledky svojej práce uverejňuje v odborných, alebo popularizačných časopisoch a ostatných hromadných informačných prostriedkoch, ako aj vlastnou edičnou činnosťou. Umožňuje štúdium vo svojich zbierkach, dokumentácii, archíve a knižnici. Verejne vystavuje v dlhodobých alebo krátkodobých expozíciách, v pamiatkových objektoch, alebo na výstavách vo vlastných i cudzích priestoroch, prípadne v študijných depozitároch svoje zbierky a výstavy iných inštitúcií a súkromných osôb, pričom dbá, aby pri vystavovaní nebola ohrozená ich ochrana a bezpečnosť. Poskytuje odbornú poradenskú a metodickú pomoc múzeám podobného zamerania, vydáva odborné posudky vo veciach ochrany predmetov vedeckej, kultúrnej a historickej hodnoty. V súlade so svojim poslaním poskytuje platené a neplatené služby a vykonáva hospodársku činnosť úzko súvisiacu a vychádzajúcu z podstaty múzea. Poskytuje sprievodcovské služby vo svojich expozíciách a na výstavách inštalovaných vo výstavných priestoroch. Vykonáva múzejnú, kultúrno – výchovnú činnosť prostredníctvom ďalších podujatí, pobočiek a špecializovaných expozícií, ktoré buduje aj mimo svojho sídla.
Poskytuje informačné, odborno-poradenské a ďalšie služby v rozsahu svojho odborného zamerania a špecializácie. Podieľa sa na environmentálnej výchove obyvateľstva. Nadväzuje priame vzťahy s inými právnickými a fyzickými osobami v súlade so svojim poslaním a špecializáciou. Zabezpečuje predaj suvenírov, pohľadníc a iných drobných predmetov súvisiacich so svojim poslaním a špecializáciou. Buduje odbornú knižnicu, dokumentáciu a archív, ktoré tvoria primárnu bázu pre odborné determinovanie, prezentáciu a ďalšie využívanie zbierkových predmetov, zbierok a ďalších múzejných fondov. Organizuje alebo napomáha činnosti združení občanov, spolkov, krúžkov, vedeckých spoločností a iných právnických, alebo fyzických osôb, ktorých činnosť súvisí s poslaním múzea.
